Các nghiên cứu khảo cổ học cho thấy, miso đã được làm từ thời kỳ Jōmon. Từ thời kỳ Nara, thứ mà mô tả giống như miso đã được ghi chép lại và viết là 未醤. Miso thời xưa cũng được làm từ đậu nành, nhưng men khuẩn kōji chưa được sử dụng tích cực như thời nay. Tài liệu cổ cũng cho biết từ thời kỳ Heian, miso được sử dụng như gia vị.

Vào thời Kamakura, người Nhật có tập quán bữa cơm gồm cơm, cá khô, một chút miso và rau xanh. Đến thời Muromachi, miso được lần bằng đậu nành nguyên hạt (không nghiền nhuyễn), gần giống món nattō. Các tỉ-khâu (sư, chú tiểu) thời Muromachi, nghĩ đến việc xay đậu nành thành chất nhão, sản sinh ra một cách thức nấu ăn mới, dùng tương miso làm hương vị cho các món ăn khác.Thời đó, miso được làm ở khắp nơi, và không chỉ còn là gia vị mà đã thành một thứ thực phẩm dự trữ.

Đến thời Chiến Quốc (1467-1603), miso trở thành một nguồn dinh dưỡng quý phân phối cho binh lính. Các vị tướng thời này có chính sách khuyến khích sản xuất miso hẳn hoi. Miso thời Sengoku được xác định là đã giống như miso thời nay.

Sang thời kỳ Edo, việc sản xuất miso rất phát triển. Mỗi địa phương có những bí quyết làm miso riêng và có đặc trưng về hương vị riêng.

Từ thời kỳ hiện đại hóa, miso dần dần được sản xuất theo phương pháp công nghiệp là chủ yếu. Miso làm tại gia đình ít dần đi.